许多学者认为，程朱理学倡导的格物致知，也就是探索客观事物的规律（“天理”），具有现代科学或者是理性主义的成分，而陆王心学提倡“心即理”，“心外无理”，则是对程朱理学的背叛，完全没有科学的成分了。然而，我自己的科研实践，以及其他相关的例子，似乎证明了在科学研究领域，特别是在基础科学研究中，陆王
我于上世纪九十年代初考入北京大学数学系学习，至今已近十五年。在这些年当中，我学了许多课程，看了许多专著和论文，然而学得越多，看得越多，我就越困惑，越焦躁，为什么呢？因为我写不出论文来。在我看来，每一篇论文都是那么完美，每一部专著都是那么无懈可击，我从哪里才能够找出一个问题来研究呢？是我没有弄懂那些文章么？我自信肯定不是的，有些文章我甚至能够背出来，给别人讲解的时候也能讲得非常清楚，可是我为什么就是做不出研究成果呢？两年前，在一个偶然的机会，我突然想到，我的研究方法不对！如此下去，我一百年也做不出研究成果来，因为我所看的那些论文，都是别的研究者为了告诉别人他在想什么，他在干什么，他得出什么样的结论而写的。只要我的智力不比他差，我当然能够看懂他的论文。那么，如果是我自己做研究，我也一定要告诉别人，我在想什么，我在干什么，我能够得出什么样的结论。既然是我想告诉别人的是我自己的所想所为，那么我看的那些书籍，那些论文与我有什么关系呢？我决定放弃那些书籍文章，转而从数学里面的某一个现象开始，一步一步地问自己：是这个数学结构的哪些性质决定了这个现象？经过一年多的不断地反问自己，在不依靠任何人的论断的情况下，我发现我把导致这个现象的性质找出来了，并且发现，具有这种性质的数学结构还有很多很多，也就是说，我发现很大一类数学结构都具有这样的现象，而这是在以前不为其他数学家所知的。并且，我还发现，在其他领域，也有类似但不完全一致的现象发生过，那么导致那种现象的性质跟我发现的这个性质有什么关系呢？这样一步一步问下去，我发现我也能够告诉别人我在想什么，我在干什么，以及能够得出什么样的结论了。也就是说，我能够做研究，并且也做出研究成果来了。
我觉得我这样的研究方法是对的，而且现在我非常乐意继续这样做下去。这个领域的一些专家就我的成果向我表示祝贺，这更加使我确信我走的路是正确的。这就促使我问自己：为什么在以前，我读了那么多的文章书籍，都不能够使我做出研究，反而是我放弃那些文章书籍，自己独立去想、去做，从最简单的开始，就做出研究来了呢？最近我在家里翻阅《明儒学案》，发现其中《姚江学案》中讲王阳明哲学的部分，颇有启发意义：原来我以前治学的方法是朱熹式的，而现在的治学方法则是阳明式的；而我的经历表明，朱熹是错的，阳明是对的，且阳明的哲学最近于西方理性主义者所倡导的治学方法。
科学研究最依赖于科学家的主观能动性
在基础科学研究中，研究的内容不外乎两类，一种是对某一类纷繁复杂的事物进行分类，比如数学中对一些代数结构的分类，物理学中对一些基本粒子的分类，生物学中对一些蛋白质的分类等等；另一种研究就是对某一类特殊的事物进行局部的考察，比如说考察某个空间的曲率，某个粒子的稳定性，某个蛋白质的活性等等。
那么，科学家们是怎样对事物进行分类的呢？一般情况下，科学家首先给要研究的对象建立一个代数的模型，所谓“代数的”是指在某种意义下“可数的”或者“可测量的”，然后把这些对象放进这个模型中，通过模型反映出来的各类数据，给出各式分类，然后得出各种不同的性质。比如说，自然界有很多的基本粒子，我们怎么样来区分和确认它们呢？物理学家说，我们可以首先测量它们带的电荷，把带正电的归为一类，把带负电的归为一类，把不带电的归为一类。通过这种方式进行分类后，每一类中还是有很多粒子，怎么办呢？我们再根据它们的质量，或者自旋的性质等等来做进一步的分类，这样下去，我们就能够给这些基本的粒子做一个明确的归类。并且，此后再遇到一个粒子时，我们只要测量它的带电性，质量或者自旋等指标，就能够知道它是一个什么粒子。
也就是说，科学家们在面对那些异彩纷呈的事物，试图找出它们的相同和不同之处时，其实是预先打造了很多不同的“尺子”，然后拿这些尺子去对这些事物一个一个地量，根据测量结果的相同或不同，来对这些事物作出分类。因此，对于科学家而言，科学研究中最重要的工作，就是打造尺子，亦即制定标准。如果尺子打造得好，那么一切就几乎是一目了然的；反之，一切工作都是白费力气。举例来说，我们现在常常慨叹于元素周期表和动植物分类的自然和完美，整个世界几乎都纤毫毕现，一片洞明，其实我们更应该慨叹的，也是更应该学习和效仿的，是门捷列夫和达尔文独出机杼，制定的那些分类标准。而这些标准的制定，这些模型的建立，往往来自科学家本人的经验，直觉，灵感，以及自信。而所有这些，其实很像王阳明说的“致吾心良知之天理于事事物物，则事事物物皆得其理”（《明儒学案》）。朱熹说，“事事物物皆得其理”（黄宗羲《宋元学案》，见《黄宗羲全集》，浙江古籍出版社，１９９５年），桌子有桌子的理，椅子有椅子的理，颇类似于今天我们说某个元素属于周期表第几行第几列，或者某个动物属于哪个门哪个纲哪个目――如此格物，就显得有些本末倒置了。
那么，科学家们又是怎样对某类特殊事物进行考察的呢？通常的方法是给予被研究的事物各种各样的刺激，然后观察该事物对于这些刺激的反应，并得出相应的结论。比如说药物学家想攻克艾滋病，如何攻克呢？我们知道艾滋病是人体内的一种病毒引起的，药物学家的方法，就是把艾滋病病毒和人体内其他正常的蛋白质拿出来，通过加入各种不同的试剂，观测这两种蛋白质的反应。如果能够观察到某种试剂对艾滋病病毒有抑制作用，而对正常的蛋白质无影响甚至有激发作用，那么艾滋病就被攻克了，用这种试剂制成的药品就能够治疗艾滋病。物理学家想了解一种基本粒子的性质，也是采用类似的方法，即把这种粒子加速到具有一定的能量，然后打在一个靶上；或者让两束粒子对撞，通过相撞得到的实验数据得出该粒子的某些特性。日常生活中也有这样的例子：一个农民是如何把混在一起的麦子和豆子分开的？最简单也是最有效的方法就是用筛子筛，将麦子和豆子放到筛子里并让它们同时动起来，只要用力得当，麦子和豆子就会逐渐各自堆到一起，从而达到分离它们的目的。在这些情况下，艾滋病病毒之于药物学家，基本粒子之于物理学家，混在一起的麦子和豆子之于农民的意义就在于它们能够动起来，并且是按照后者设计的方式动起来。如果实验者不能使他们动起来，那么这个实验就没有意义，就不成功。这让我联想到《传习录》中的一个经典故事：
先生游南镇，一友指岩中花树问曰：“天下无心外之物，如此花树，在深山中自开自落，于我心亦何相关？”先生曰：“你未看此花时，此花与汝心同归于寂。你来看此花时，则此花颜色一时明白起来，便知此花不在你的心外。”（王阳明《传习录》，见《王阳明全集》，上海古籍出版社，１９９２年版）
当今的哲学家们大多从审美的角度和现象学的角度，来诠释王阳明的这段话（参见陈来《有无之境――王阳明哲学的精神》，人民出版社１９９５年版），其实，从上面说的科学研究的角度看，所谓“心外无物”也大致类似于被研究的事物对于研究者的意义，一个物体只有成为被研究的对象时，才是有意义的。一个科学家需要关心远在一千公里之外的某个蛋白质或者某个粒子么？显然不需要，他们之间一点关系都没有，“同归于寂”。
与朱熹哲学中“格物致知”置格致者于旁观者、第三者甚至“天理”的奴婢的地位不同，现代的科学研究更强调科学家本人自始至终的积极参与，这是符合王阳明哲学精神的。打一个不恰当的比喻，这好比开赌场，科学家就是赌场规则的制定者，是庄家，而科学研究的对象，就是所有进入赌场的赌徒。一个庄家的任务，就是吸引尽可能多的人来参赌，并且不断修改制定最有利于自己的规则。无论如何，最后的赢家，一定是庄家。
科学研究中的“知识”、“真理”和“知行合一”
在治学方法上，朱熹说“学固不在乎读书，然不读书，则义理无由明。要之无事不要理会，无书不要读。若不读这一件事，便缺了这一件道理，不理会这一件事，便缺了这一件道理”，又说“学者须是熟。熟时，一唤便在眼前；不熟时，须著旋思索。到思索得来，意思已不如初了”（《宋元学案》），提倡读书明理。
朱熹的话有道理么？我觉得没有。拿出一本微积分的书来，每个定理，每个定义都弄熟弄透，倒背如流，我就能够做出一个关于微积分的定理来么？事实证明，不能够。多读熟读，都不能够使我们做出科学研究的成果来。而且，相反的是，绝大多数情况下，在一个领域做出重大贡献的人，往往开始都不是这个领域的专家，而是对该领域有一点点涉猎的初学者，或者漫不经心的“观光者”。这样的例子几乎不胜枚举。
那么，书本告诉我们的是什么呢？专家们懂得的又是什么呢？科学研究的目的是探索和发现真理，如果书本或者专家告诉我们的是真理，那么为什么掌握真理较多的人得不出真理，反而是掌握真理较少的人能够得出真理呢？
我通过思考发现，书本告诉我们的，和专家们懂得的，都不是真理，而是知识。什么是知识呢？像“牛是吃草的”，“老虎是吃肉的”这类事实，就是知识，但它们不是真理。如果它们是真理，用得着我们去探索，去发现么？用得着我们去捍卫么？用得着我们去“博学，审问，明辨，笃行”么？不需要的。书本上讲的和专家懂得的，也不过是用一些标准化的语言写的“牛吃草”、“老虎吃肉”这类的事实而已。朱熹所讲的“致知”，也就不过是知道这些知识而已，难怪王阳明按朱熹所讲的方法去格竹子要格出病来。
既然科学研究的目的是追求真理，即“穷理”，那么把重点放在获得知识上，就有点舍本逐末了。
那么什么是真理呢？人们往往认为，真理就是宇宙万物遵循的客观规律。但谁又能保证这样的客观规律就能被人类的理性所掌握呢？那样岂不是太抬高人类的理性了？岂不是非得设定一个既创造了宇宙、又和人类具有相似性的上帝才能讲得通？我认为，对人类来说，所谓真理，就是人运用自己理性规定的人与人，以及人与事物之间的关系。试图把自己规定的这些关系弄得尽善尽美，就是追求真理；如果觉得别人的规定不如自己的规定好，从而坚持自己的规定，就是捍卫真理。
王阳明晚年专讲“致良知”，在我看来，所谓致良知，也就是教人尽量把人和人，人和其他事物的关系规定得尽量完美的意思。所有的天理，其实就是人理，是良知。我在做数学研究的时候发现，对于同一种现象，数学家们往往有好几种解释，这好几种解释都找不到错误的地方，当时感到非常的困惑，按常理，这样的解释应该只有一个才对，为什么有好几个呢？当我发现所谓追求真理，其实就是自己去规定关系时，我明白了：既然是自己去规定，那么你可以有你的规定，我也可以有我的规定。
既然做科学研究，追求真理，就是我去规定自己和研究对象的关系，那么别人的规定在我看来，就不是真理；只有当他的规定和我的规定一致的时候才是真理。如果你不去规定，不秉持公心地去规定，那就不是追求真理。这就是王阳明说的“知行合一”。整个一部《传习录》，讲的几乎全是这个道理。
理性主义和“人皆可以成尧舜”
许多学者认为，从程朱理学到陆王心学的转变，类似于西方哲学从理性主义到存在主义的转变（参见陈来《有无知境》），其实，若仔细考察王阳明的个人经历和思想历程，这个哲学上的转变更类似于西方从经院哲学（信仰主义）到理性主义的转变。
被称为西方近代哲学的始祖的笛卡尔，在《谈谈方法》一书中说到，他年轻时在日耳曼当兵，当时在驻地因无所事事而独自沉思，幻想着构造一个完全由真理构造的大厦。但是他不敢肯定过去学来的知识都是可靠的，因而宁愿认为一切都是假的，然后通过“我想，所以我是”这个第一真的原理，运用自己的理性或者良知（ｌｅ ｂｏｎ ｓｅｎｓ）从最简单最一般的事物开始，一步一步地发现其他真理。他自己按照这个方法考察了代数和几何这两门学问，“轻而易举地弄清了这两门学问所包括的一切问题”（笛卡尔《谈谈方法》，王太庆译，商务印书馆，２００６年）。笛卡尔讲的是他自己的经历，但是从这本书里面洋溢着的自信和自得来看，他显然认为如果每个人都按照他的这个方法去做（因为他认为每个人的良知都是一样多的），一定都可以获得关于任何事物的真理。
这个故事非常类似于王阳明的“龙场悟道”：王阳明被贬到贵州龙场做驿丞时，“动心忍性，因念圣人处此更有何道，忽悟格物致知之旨，圣人之道，吾性自足，不假外求”（《明儒学案》）。陆九渊也曾经悟到“宇宙内事，乃己分内事；己分内事，乃宇宙内事”，并说“东海有圣人出焉，此心同也，此理同也；西海有圣人出焉，此心同也，此理同也；南海、北海有圣人出焉，此心同也，此理同也；千百世之上有圣人出焉，此心同也，此理同也；千百世之下有圣人出焉，此心同也，此理同也”（《宋元学案》）。这与理性主义者，如笛卡尔，如莱布尼茨，如斯宾诺莎等人的自信如出一辙。如果把陆王所说的圣人理解为理性主义者所说的完美人格的话，那么，一句话，只要“头脑得当”（王阳明），“人皆可以成尧舜”（孟子）。
像笛卡尔这样的故事在理性主义者们身上还有很多，这些理性主义者的观念都类似于陆王而非朱熹的。朱熹所主张的如“存天理，灭人欲”等等，不管从内容，还是从形式上，往往更像经院主义哲学家的话，而在理性主义者身上，可以说是没有这类主张的。陈宣良在《理性主义》中说：“近代理性主义者虽然一直标榜自己热衷于科学方法，尤其是几何学的方法，但骨子里却是更重视个人体验的。”（陈宣良：《理性主义》，四川人民出版社，１９８８年）通常，我们在推崇西方理性主义者时，往往注重其科学方法的同时忽略了其非理性的一面，而在考察陆王心学的时候，往往注重其重视个人体验的一面，而忽略了其科学方法的一面。
大凡学术的繁荣，必须有赖于哲学的先行者。西方理性主义者如笛卡尔等人所主张的科学方法，对科学真理，以及对理性良知的认识，成为西方近现代科学技术发展精神指导。那么，由王阳明所发扬光大的陆王心学，对他以后的科学技术，思想学术的发展有没有积极的影响呢？答案是有的，这一点梁启超在《中国近三百年学术史》里面已经讲得非常多，非常精彩了。梁启超说，整个明清之际的学术，包括经学，史学，和天文历算地理等各种学科，无不有新的发展，而“那个时候的学者……留下许多可歌可泣的事业，令我们永远景仰。他们自身，却都是――也许他们自己不认――从阳明学派这位母亲的怀里哺养出来的”（梁启超：《中国近三百年学术史》，上海三联书店，２００６年）。
科学研究贵独立自主，贵由己及物，贵气度恢宏。由孟子，到程颢，到陆九渊，到王阳明，是心学的一路；孟子说“万物皆备于我矣”，程颢说“仁者以天地万物为一体，莫非己也”，陆九渊说“宇宙便是吾心，吾心即是宇宙”，而王阳明说“人者，天地万物之心也；心者，天地万物之主也”，也是给我们科学研究者说的。科学家若无这点自信和气概，也很难做出好的研究来。整个二十世纪，我们对于科学研究的认识，很大程度上还停留在朱熹的认识水平上。事实上，如果把“天理”换成“客观真理”，把文言换成白话，则《朱子语类》里面的很多话都可以搬进现在的教科书。对科学研究认识的偏差，导致我们在很多的研究上停滞不前，研究本身也越来越支离。我们当然希望将来能够产生出一批意气风发，领袖群伦的科学家来，在这个意义上，重新认识陆王心学对我们也许有些启发。
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